Djelatnosti Hrvatske poljoprivredne agencije čine sljedeći poslovi i zadaci:
1. Pomoć poljoprivrednim gospodarstvima pri podnošenju zahtjeva za ostvarivanje novčanih potpora u poljoprivredi i ruralnom razvoju;
2. Provedba sustava za identifikaciju zemljišnih čestica na lokalnoj razini;
3. Sudjelovanje u poslovima kontrole sustava plaćanja novčanih potpora u poljoprivredi i ruralnom razvoju;
4. Ažuriranje podataka o upisu u Upisnik poljoprivrednih gospodarstava;
5. Organizacija i provedba sustava označavanja domaćih životinja;
6. Ispitivanje kakvoće poljoprivrednih proizvoda;
7. Izrada i provedba sustava kvalitete u poljoprivredi i prehrambenoj industriji;
8. Razvoj poljoprivredne proizvodnje:
- pomoć pri uspostavi udruga uzgajivača stoke;
- organizacija prometa uzgojno valjanih grla stoke;
- organizacija stočarskih izložbi i izložbi poljoprivrednih proizvoda;
- obavljanje uzgoja pojedinih vrsta i pasmina stoke u cilju provedbe uzgojnih programa i provjere rezultata uzgojno selekcijskog rada;
- ispitivanje proizvodnih svojstava svih vrsta i pasmina domaćih životinja;
- obrada uzgojno selekcijskih podataka i izračuni uzgojnih vrijednosti za sva matična grla;
- sudjelovanje u izradi i provedbi programa zaštite i očuvanja izvornih i zaštićenih pasmina i sojeva domaćih životinja;
- izrada razvojnih programa stočarske proizvodnje, te njihovo praćenje u provedbi;
- izrada tehnoloških i investicijskih studija stočarske proizvodnje, te praćenje i pomoć pri njihovu ostvarivanju;
- informiranje i izobrazba proizvođača;
- izrada stručnih i ekonomskih analiza, te
- ostali poslovi koji pridonose razvoju poljoprivredne proizvodnje.
9. Sudjelovanje u poslovima provedbe mjera tržnih redova u stočarstvu;
10. Vođenje jedinstvenih registara domaćih životinja u vidu računalnih baza podataka;
11. Obavljanje i drugih poslova po posebnim propisima.