Djelatnosti Hrvatske poljoprivredne agencije čine sljedeći poslovi i zadaci:
1. pružanje pomoći poljoprivrednim gospodarstvima pri podnošenju zahtjeva za ostvarivanje novčanih potpora u poljoprivredi i ruralnom razvoju;
2. sudjelovanje u poslovima kontrole sustava plaćanja novčanih potpora u poljoprivredi i ruralnom razvoju;
3. organizacija i provedba sustava označavanja domaćih životinja;
4. ispitivanje kakvoće poljoprivrednih proizvoda;
5. izrada i provedba sustava kvalitete u poljoprivredi i prehrambenoj industriji;
6. razvoj stočarske proizvodnje:
- pružanje pomoći u provedbi ili rukovođenje provedbom programa uzgoja pasmina goveda, svinja, ovaca, koza, kopitara, kunića, peradi, pčela i drugih vrsta životinja koje imaju uzgojnu i gospodarsku namjenu (u daljnjem tekstu: domaće životinje);
- ispitivanje proizvodnih svojstava svih vrsta i pasmina domaćih životinja;
- obrada uzgojno selekcijskih podataka i izračuni uzgojnih vrijednosti za sva uzgojno valjana grla domaćih životinja;
- sudjelovanje u izradi i provedbi programa zaštite i očuvanja izvornih i zaštićenih pasmina i sojeva domaćih životinja;
- pomoć pri organiziranju prometa uzgojno valjanih grla i izdavanje potvrda o podrijetlu uzgojno valjanih grla;
- pružanje pomoći pri uspostavi udruga uzgajivača domaćih životinja;
- organizacija stočarskih izložbi i smotri te izložbi poljoprivrednih proizvoda;
- izrada razvojnih programa stočarske proizvodnje, te njihovo praćenje u provedbi;
- izrada tehnoloških i investicijskih studija stočarske proizvodnje, te praćenje i pomoć pri njihovu ostvarivanju;
- marketinško promicanje stočarske proizvodnje;
- informiranje i izobrazba proizvođača;
- izrada stručnih i ekonomskih analiza;
- davanje stručnih mišljenja Ministarstvu poljoprivrede u području stočarske politike i suradnja sa znanstvenim institucijama na području unaprjeđenja stočarske proizvodnje, te
- ostali poslovi koji pridonose razvoju stočarske proizvodnje;
7. sudjelovanje u poslovima provedbe mjera tržnih redova u stočarstvu;
8. vođenje jedinstvenih registara domaćih životinja u vidu računalnih baza podataka;
9. obavljanje i drugih poslova prema posebnim propisima.