2003. godine Uredbom Vlade RH o izmjenama i dopunama Uredbe o Hrvatskom stočarskom selekcijskom centru mijenja se naziv u Hrvatski stočarski centar.

Hrvatska poljoprivredna agencija je pravno i djelatno slijednik Hrvatskog stočarskog centra. Uredbom Vlade Republike Hrvatske iz veljače 2009. godine Hrvatski stočarski centar je preimenovan u Hrvatsku poljoprivrednu agenciju, kojoj su uz novo ime dodijeljene i nove djelatnosti. Uredbom je naglašeno i novo upravno sjedište u Križevcima.

Hrvatska poljoprivredna agencija svojim aktivnostima sustavno djeluje na razvoj poljoprivredne proizvodnje, provodeći mjere Ministarstva poljoprivrede. HPA djeluje na području čitave Republike Hrvatske preko Područnih ureda raspoređenih u svim županijama.