Uredom rukovodi ravnatelj Agencije dok zamjenik ravnatelja i pomoćnici ravnatelja koordiniraju i organiziraju poslovanje ustrojstvenih jedinica Agencije i po potrebi zamjenjuju ravnatelja Agencije.

Sukladno Statutu Hrvatske poljoprivredne agencije, nakon provedenog javnog natječaja Upravno vijeće Hrvatske poljoprivredne agencije je na prijedlog Ministra poljoprivrede, ribarstva i ruralnog razvoja na sjednici održanoj 6. travnja 2009. godine, za ravnatelja Hrvatske poljoprivredne agencije imenovalo dr. sc. Zdravka Baraća, dipl. ing. agr.