Tajništvo organizira i obavlja zajedničke poslove, pruža logističku potporu osnovnim djelatnostima Agencije. Poslovi tajništva obuhvaćaju računovodstveno-financijske, pravne kadrovske, opće i ostale zajedničke poslove.
Tajništvom rukovodi Tajnik Agencije Zdenko Franić, dipl. oec.
Unutar Tajništva sistematizirana su dva odsjeka:
1. Odsjek računovodstveno-financijskih poslova
2. Odsjek pravnih, kadrovskih i općih poslova