Odjel za označavanje i evidenciju domaćih životinja obavlja poslove vezane uz    primjenu mjera kojima se provode programi označavanja, evidencije i registracije domaćih životinja; goveda, svinja, ovaca i koza, s ciljem organizacije i provedbe cjelokupnog sustava označavanja i evidencije te pohrane podataka u središnju elektronsku bazu podataka, što podrazumijeva:

• izradu programa za organiziranje i provođenje sustava označavanja i evidencije domaćih životinja,
• izradu algoritama za računalne programe koji će biti osnovna računalna platforma za središnju bazu podataka,
• obvezu savjetovanja, informiranja i educiranja djelatnika Agencije, svih sudionika sustava i stočara, iz područja označavanja i evidencije domaćih životinja,
• organiziranje, vođenje i unapređivanje središnje baze podataka stočarskih farmi u Republici Hrvatskoj,
• organiziranje prikupljanja i upisa podataka u središnju bazu podataka stočarskih farmi te ažuriranje iste,
• sudjelovanje u izradi pravilnika vezanih za sustave označavanja i evidencije domaćih životinja,
• izradu uputa i procedura za provedbu svih sustava u okviru označavanja i evidencije domaćih životinja,
• kreiranje, nabavu i distribuciju svih potrebnih obrazaca u okviru sustava označavanja i evidencije domaćih životinja,
• distribuciju i praćenje sljedljivosti sredstava za označavanje,
• ispis i distribuciju zamjenskih ušnih markica,
• organiziranje i provedbu programa edukacije posjednika za samostalno označavanje domaćih životinja,
• organiziranje označavanja, evidencije i registracije domaćih životinja,
• organiziranje, vođenje i unapređivanje središnje baze podataka domaćih životinja,
• analiza upisanih podataka, analiza rizika, ispravci podataka,
• ispis putnih listova,
• rad na povezivanju baza podataka i organizacija dostupnosti podataka drugim sustavima u poljoprivredi,
• rad u povjerenstvima koje osnivaju nadležne institucije i tijela, kao i suradnju s njima radi poticanja i unapređenja stočarske proizvodnje,
• suradnju s ostalim sudionicima u provedbi programa označavanja i evidencije domaćih životinja,
• izradu izvješća o rezultatima provedbe sustava označavanja i evidencije domaćih životinja,
• izradu stručnih i znanstvenih radova te prezentaciju rezultata rada na domaćim i međunarodnim stručnim i znanstvenim skupovima,
• praćenje zakonske regulative vezane za provedbu sustava označavanja i evidencije te njihovu primjenu i provedbu,
• sudjelovanje u radu udruga uzgajatelja domaćih životinja,
• suradnju s ostalim odjelima unutar Agencije,
• izradu godišnjeg programa i plana rada i aktivnosti odjela,
• predlaganje izmjena i dopuna važećih zakonskih propisa u stočarstvu,
• organizaciju ili sudjelovanje u organizaciji stručnih skupova koji su vezani za sustav evidencije i označavanja domaćih životinja.