Osnovne djelatnosti odjela za razvoj ovčarstva, kozarstva i uzgoja malih životinja su provedba uzgojnog programa, očuvanje i zaštita hrvatskih izvornih pasmina ovaca i koza, edukacija uzgajivača ovaca i koza, pomoć uzgajivačima pri prodaji uzgojno valjanih rasplodnih grla, organizacija stočarskih izložbi i smotri, suradnja i pružanje potpore u radu udruga uzgajivača i Hrvatskog saveza uzgajivača ovaca i koza te provedba Operativnog programa razvoja ovčarske i kozarske proizvodnje u Republici Hrvatskoj.