Stočarska proizvodnja, pa tako i proizvodnja mlijeka strateška je gospodarska grana unutar poljoprivredne proizvodnje Republike Hrvatske, stoga je 2001. godine na samom početku uspostave i Središnji laboratorij bio strateško pitanje u Hrvatskoj.
Službeno otvoren u rujnu 2002. godine, omogućio je uspješnu provedbu Sustava kontrole kvalitete mlijeka u RH, pridonoseći ukupnom poboljšanju kvalitete mlijeka i razvoju mljekarstva u RH.
Uspostavom laboratorija uvedeni su jedinstveni kriteriji za utvrđivanje kvalitete svježeg sirovog mlijeka za sve isporučitelje i sve mljekare u RH. Omogućena je cjelovita provedba Pravilnika o kvaliteti svježeg sirovog mlijeka usklađenog sa EU zahtjevima. Uspješno se provode pripreme za ulazak u EU.
Osigurana je nepristrana laboratorijska analitika primjenom visoke razine organizacije, tehnike i tehnologije. Omogućeno je utvrđivanje higijenske kvalitete mlijeka, a dat je i značaj utvrđivanju prisustva rezidua u mlijeku.
Daje se značaj ocjeni ispravnosti kvalitete mlijeka za isporuku na tržište prema mljekarama.
Laboratorij ima pozitivan utjecaj na poticaj domaće proizvodnje mlijeka i razvoj gospodarstava kroz poboljšanje ukupne kvalitete mlijeka, a temeljem toga i ostvarivanje veće cijene mlijeka.